高新技术企业认定专项审计，是指注册会计师接受拟向有关部门申请进行高新技术企业认定的申报企业委托，对其近三个会计年度（实际经营不满三年的按实际经营年限）的研究开发费用结构明细表和近一个会计年度的高新技术产品（服务）收入明细表进行审计，并出具专项审计报告。
如果申报企业近三个会计年度的财务报表（含资产负债表、损益表、现金流量表，实际年限不足三年的按实际经营年限）未经会计师事务所审计，应同时委托进行财务报表审计。
1、凡拟向有关部门申请进行高新技术企业认定的企业，均需要进行高新技术企业认定专项审计。
2、由于高新技术企业资格自颁发证书之日起有效期为三年，期满前三个月内企业应提出复审申请，不提出复审申请或复审不合格的，其高新技术企业资格到期自动失效。
所以凡拟向有关部门申请进行高新技术企业复审的企业，均需要进行高新技术企业认定专项审计。
认定（复审）合格的高新技术企业，自认定（复审）当年起可依照有关规定，申请享受税收优惠政策。
新审计包括年度审计和专项审计两大类，共计5份报告，以25年申报为例：
1.近三年财税审计报告（3份）
即对企业近三个会计年度（2022、2023、2024年）财务状况进行审计，如历史年度已有符合条件的年审报告，申请高新时各提供一份正本即可，无需重新审计。
例外：实际经营不满三年的企业可按实际经营年限提供。
2.近一年高新收入专项审计（1份）
对企业近一个会计年度的高新技术产品收入、高新技术服务收入明细进行审计，并出具专项审计报告。
3.近三年研发费用专项审计（1份）
对企业近三个会计年度的研发费用明细、结构进行审计，并出具专项审计报告
例外：实际经营不满三年的企业可按实际经营年限提供。
四、高新技术企业认定专项审计多少钱
1.依据企业资产规模、收入总额、账务情况及工作量确定审计费用
2.本项为高新认定关联服务项目，由财务专家及常年合作事务所联合服务，不单独提供
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